En 1973, un mouvement indépendantiste apparait au Sahara espagnol, espace de 264 300 km² figurant sur la liste de l’ONU des territoires à décoloniser : le Front Polisario (Front populaire pour la libération de la Saguia el-Hamra et du Rio de Oro, le nom des deux régions formant la colonie dépendant de Madrid). L’Espagne ayant retrouvé un régime démocratique, après le long « règne » autoritaire de Franco, elle annonce le lancement d’un recensement, en vue d’organiser un référendum d’autodétermination. Mais le Maroc conteste cette décision, arguant que le comptage ne tient pas compte des habitants du Sahara espagnol réfugiés sur son sol. Lorsque l’ONU se prononce en faveur de l’autodétermination, en 1975, le roi Hassan II organise une Marche verte : 350 000 Marocains, sans armes, convergent vers le territoire espagnol pour réclamer son rattachement au royaume chérifien. Madrid cède à la pression et attribue le nord de sa possession au Maroc et le sud à la Mauritanie.
Dès l’année suivante, le Polisario proclame la République arabe sahraouie démocratique (RASD, reconnue en 1982 par l’Organisation de l’unité africaine) et déclenche une insurrection armée, avec le soutien de l’Algérie, rivale affirmée du régime marocain.
En 1979, la Mauritanie en tire les conséquences et abandonne la partie qui lui avait été attribuée, partie qui est aussitôt occupée par le Maroc. Rabat y rapatrie des réfugiés Sahraouis et y installe des colons marocains bénéficiant de fortes incitations : prime pour les fonctionnaires, emplois réservés dans l’économie, subvention des produits de première nécessité… Les autochtones deviennent minoritaires dans certaines zones, telles que la capitale régionale Laâyoune (moins de 30 %). Pour sécuriser la partie « utile » du Sahara occidental, Rabat édifie 2 700 km de murs de sable, bordés de mines, ne laissant que 20 % de zones désertiques à la RASD, qui installe sa capitale provisoire dans le village de Tifariti. Environ 500 000 personnes (dont la moitié de Sahraouis) vivent dans les zones sous administration marocaine et environ 150 000 dans les camps sahraouis de réfugiés, voisins de la ville algérienne de Tindouf.
En 1988, le Maroc et le Polisario ont accepté un plan de paix de l’ONU prévoyant l’organisation d’un référendum. Mais la consultation n’a toujours pas eu lieu, les deux parties s’avérant incapables de s’entendre sur la composition du corps électoral. Après des combats ayant fait 16 000 morts, un cessez-le-feu est signé en 1991 et une force onusienne (la Minurso) créée pour le superviser. Depuis, le Sahara occidental reste le théâtre d’affrontements sporadiques entre belligérants, en particulier dans une zone tampon proche de la Mauritanie, et d’émeutes ponctuelles à caractère indépendantiste à Laâyoune et Dakhla (ex-Villa Cisneros), les grandes villes des « Provinces du sud » marocaines. Plus de 200 000 soldats du royaume chérifien assurent la défense du territoire face à environ 15 000 combattants du Polisario, lequel est suspecté d’entretenir des liens avec certaines organisations djihadistes du Sahel et de participer au trafic de cocaïne dans la région.
En échange de la paix, Rabat a proposé (en 2007) de doter le Sahara occidental d’une large autonomie économique et culturelle et y a lancé (en 2015) un ambitieux plan de développement. Mais le dossier reste bloqué, en raison des relations exécrables qu’entretiennent le Maroc et l’Algérie. En octobre 2024, le Polisario rejette le plan de partition, proposé par l’émissaire de l’ONU sur le dossier : le Sud deviendrait un pays indépendant et le Nord serait rattaché légalement au Maroc. Excluant tout découpage, les indépendantistes exigent la tenue du référendum d’autodétermination promis lors du cessez-le-feu de 1991.